借款合同纠纷有一般借款合同纠纷、(金融机构)同业拆借合同纠纷、企业之间借贷纠纷以及民间借贷纠纷几种形式。此外实践中还常见委托贷款、以存单为表现形式的借贷以及封闭贷款合同纠纷。
借款合同是合同的一种，对其效力的审查认定与其他合同基本一致，即遵循合同法的规定：一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益的、恶意串通，损害国家利益、集体或者第三人利益的，以合法形式掩盖非法目的、损害社会公共利益的、违反法律、行政法规的强制性规定的合同为无效。对于一般的借款合同，只要是当事人双方的合意，法院一般会确认其效力。但是对于几种特殊的借款合同的效力，我们必须根据具体情况加以区分。
一、金融机构违反《商业银行法》规定而签订的借款合同。
《商业银行法》是由人大常委会制定的法律规范，由于制定该法的目的之一就是规范商业银行的行为、提高信贷资产质量、加强监督管理，所以有较多的强制性规定，大量使用了"应当"、"必须"、"不得"等用语，但是这些带有强制性用语的规定在合同法中并没有相应的体现，因而一般情况下除了违反中国人民银行有关的利率的规定会导致合同条款无效外，违反《商业银行法》的其他规定并不必然导致合同无效。
二、关于贷款人为非金融机构企业的借款合同。
此类借款最常见的是一般企业之间的借款、名为联营实为借贷的借款以及名为补偿贸易实为借贷的借款。根据《商业银行法》及《非法金融机构和非法金融活动取缔办法》的规定，未经中国人民银行批准，任何单位和个人不得擅自设立金融机构或者从事金融业务活动。所以，非金融机构的企业是不能作为贷款人与他人签订借款合同的。最高人民法院对以上几种性质的借款合同也有批复，均按无效合同处理。
三、金融租赁公司与承租人签订的名为融资租赁实为借贷的借款。
融资租赁合同包括两个法律关系：一个是出租人与承租人之间的租赁关系，一个是出租人与出卖人之间的买卖租赁关系。司法实践中，常常遇到名为融资租赁实为借贷的情况，如出租人与承租人未对出卖人及租赁物作出明确的约定或者选择，而是由出租人直接将资金交付给承租人使用，承租人亦不是用该资金去购买租赁物，而是用于其他流动资金的，就是名为融资租赁实为借贷的借款合同。这时，如果出租方为不具备经营贷款业务的企业的，则按一般企业间借款合同处理，认定合同无效;如果融资租赁的出租人属于非银行金融机构的，则按出借人为非银行金融机构的一般借款合同处理。
四、关于政府部门根据政策发放贷款而签订的借款合同。
虽然《贷款通则》规定，各级行政部门不得经营贷款业务，但从最高院的判例来看，并非如此。因为财政部《关于地方财政有偿使用资金管理办法》规定，地方财政部门为扶持特定的企业、行业发展，可以发放财政周转金，实行有偿使用，收取一定的资金占用费，定期归还。所以，此种情况下，由政府机关发放的贷款，并不违反法律、法规的强制性规定，亦不损害国家和社会公共利益，可以认定此种借款合同有效。
对于无效合同的处理，合同法第58条有一般性的规定，但是对借款合同没有特别规定。最高院要求遵循以下处理原则，合同认定无效后，除本金可以返还外，对于出资方已经取得或者约定的利息应予收缴，对另一方则应处以相当于银行利息的罚款。但司法实践中，大多数法院仅判决借款人返还本金，对约定的利息既不进行追缴，也不进行处罚，有的法院则不对借款双方进行处罚，对利息也不保护，对已经支付的利息判决冲抵借款本金。